Τα βιοκαύσιμα είναι υγρά καύσιμα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν στον τομέα των μεταφορών. Τα πιο συνηθισμένα στο εμπόριο είναι το βιοντήζελ, που παράγεται κυρίως από ελαιούχους σπόρους (ηλίανθος, ελαιοκράμβη, κ.ά.) και μπορεί να χρησιμοποιηθεί είτε μόνο του ή σε μίγμα με πετρέλαιο κίνησης σε πετρελαιοκινητήρες και η βιοαιθανόλη η οποία παράγεται από σακχαρούχα, κυταρινούχα κι αμυλούχα φυτά (σιτάρι, καλαμπόκι, σόργο, τεύτλα, κ.ά.) και χρησιμοποιείται είτε ως έχει σε βενζινοκινητήρες που έχουν υποστεί μετατροπή είτε σε μίγμα με βενζίνη σε κανονικούς βενζινοκινητήρες είτε τέλος να μετατραπεί σε πρόσθετο βενζίνης.

Τα βιοκαύσιμα είναι φιλικότερα προς το περιβάλλον από τα συμβατικά καύσιμα γιατί έχουν λιγότερες εκπομπές και χρησιμοποιούν ανανεώσιμες πρώτες ύλες. Συμβάλλουν στη μείωση των εισαγωγών και στην ενεργειακή αυτονομία της χώρας. Ειδικότερα το βιοντήζελ είναι μη τοξικό και βιοαποικοδομήσιμο, δεν περιέχει αρωματικές ενώσεις και οι εκπομπές των ρυπαντών οξειδίων του θείου, μονοξειδίου του άνθρακα, άκαυστων υδρογονανθράκων και αιθάλης από την καύση του στις μηχανές ντήζελ είναι πολύ χαμηλές. Επίσης η καύση του δεν αυξάνει το διοξείδιο του άνθρακα στην ατμόσφαιρα, αφού προέρχεται από βιολογικές πηγές. Εμφανίζει παρόμοιες ιδιότητες με το συμβατικό ντήζελ, καλύτερες λιπαντικές ικανότητες και είναι κατάλληλο για τους υπάρχοντες πετρελαιοκινητήρες.

Η Βραζιλία είναι ο μεγαλύτερος παραγωγός βιοαιθανόλης από ζαχαροκάλαμο. Στη χώρα αυτή, το 2005 οι πωλήσεις αυτοκινήτων που κινούνται με βιοαιθανόλη και με βενζίνη ξεπέρασαν αυτές των συμβατικών αυτοκινήτων που χρησιμοποιούν μόνο βενζίνη. Το μερίδιό τους στις πωλήσεις νέων επιβατικών έφτασε το 53,6% από 17% το 2004.

Σήμερα η Βραζιλία διαθέτει 29.000 βενζινάδικα που μπορούν να προμηθεύουν βιοαιθανόλη και τα οποία είναι διασκορπισμένα από το Ρίο μέχρι την κοιλάδα του Αμαζονίου. Η βιοαιθανόλη καταλαμβάνει στη Βραζιλία το 20% της αγοράς καυσίμων για μεταφορικές ανάγκες σε σχέση με μόλις 1% στον υπόλοιπο κόσμο.

Στη χώρα μας η ψήφιση του νόμου 3423/2005, έδωσε σημαντική ώθηση για την παραγωγή βιοκαυσίμων. Ήδη έχουν κατασκευαστεί και αναμένεται να λειτουργήσουν σύντομα ένα εργοστάσιο στο Σταυροχώρι Κιλκίς, το οποίο έχει δυνατότητα παραγωγής 40.000 τόνων βιοντήζελ τον χρόνο και ένα δεύτερο στον Βόλο, με δυνατότητα παραγωγής 40.000 τόνων βιοντήζελ, που σταδιακά θα φτάσει τους 60.000 τόνους.

Πρωτοβουλίες για την ανάπτυξη ανάλογων μονάδων έχει ξεκινήσει η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Κοζάνης, ενώ σχεδιάζεται η ανάπτυξη μονάδας από ιδιωτικό φορέα και στην Πάτρα.

Παράλληλα στην Κρήτη, το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο σε συνεργασία με την Περιφέρεια Κρήτης έχει ξεκινήσει πιλοτικό πρόγραμμα για τη χρήση βιοντήζελ αναμεμιγμένο με πετρέλαιο σε ποσοστό 20%, για την κίνηση λεωφορείων του τοπικού ΚΤΕΛ. Επιπρόσθετα το Ε.Μ.Π. έχει αναπτύξει πιλοτικά προγράμματα παραγωγής βιοκαυσίμων και σε άλλες περιοχές της χώρας.

Πέρα από το εμφανές περιβαλλοντικό όφελος από τη χρήση βιοκαυσίμων, υπάρχουν και σημαντικά οικονομικά οφέλη τόσο άμεσα, αφού μειώνεται η εισαγωγή πετρελαίου, αλλά και έμμεσα αφού αναπτύσσεται η οικονομία σε αγροτικές περιοχές όπου παράγεται η πρώτη ύλη που είναι απαραίτητη για την παραγωγή των βιοκαυσίμων.